苯妥英钠的副作用常见齿龈增生，儿童发生率高，长期服用后可能引起恶心，呕吐甚至胃炎。神经系统不良反应与剂量相关，常见眩晕、头痛，严重时可引起眼球震颤、共济失调、语言不清和意识模糊，调整剂量或停药可消失；可影响造血系统，致粒细胞和血小板减少，罕见再障；常见巨幼红细胞性贫血。并且长期服药也会对药物产生耐药性与依赖性，一旦停药，就会再次出现癫痫发作。同时记忆力下降，智力下降，反应迟钝，精神下降，免疫力下降，内脏损伤等。